Im Jahr 2045 kehren Motoko Kusanagi und Sektion 9 zurück, um in dieser Neuauflage der ersten Staffel von „SAC_2045“ in Spielfilmlänge eine neue Bedrohung zu bekämpfen.
Wissenschaftler forschen auf der Suche nach einem Heilmittel für Alzheimer an Haien. Doch ihr Projekt lässt riesige Räuber mit nahezu menschlicher Intelligenz entstehen.
Optimus Prime verändert sich zum Schlechten. Cade Yeager tut sich daraufhin mit einer Truppe Autobots zusammen, um die Erde vor einer tödlichen Bedrohung zu retten.
Im verlassenen, von Blasen und gestörter Schwerkraft heimgesuchten Tokio hat ein talentierter junger Mann eine schicksalhafte Begegnung mit einem mysteriösen Mädchen.
Ein Staatsanwalt, der in einer gefährlichen Stadt eine geheime Mission und deren Anführer unter die Lupe nehmen soll, gerät in einen tödlichen Krieg zwischen Spionen.