In einem Japan der Zukunft soll ein Netzwerk an Verbrechen vorhersagenden Überwachungsgeräten weltweit installiert werden, als Terroristen das System infiltrieren.
Nach ihrem Tod werden zwei Teenager in eine Wohnung mit einer mysteriösen schwarzen Kugel transportiert und müssen in einem brutalen „Spiel“ Jagd auf Aliens machen.
Nach dem Tod seiner Mutter verlässt einen talentierten Nachwuchspianisten die Motivation. Doch eine freigeistige Geigenspielerin gibt ihm neuen Antrieb.
An einer Schule, die als Haltestelle zum Jenseits dient, gerät ein Teenager in den Kampf um die Rechte der Bewohner dieser Fegefeuer-Welt.
Weil die Menschheit vom Untergang bedroht ist, reist ein neuer Rekrut der Chaldea Security Organization in die Vergangenheit, um die Zukunft zu retten.